Transposons, a rich source of genetic variability in crops
Els genomes de les plantes contenen un gran nombre de seqüències repetitives disperses. Els transposons i els Pararetrovirus Endògens (EPRVs) formen part d'aquest grup de seqüències repetitives. Els transposons són seqüències d'ADN amb la capacitat de moure's i canviar la seva posició...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Fecha de publicación: | 2023 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Autònoma de Barcelona |
| Repositorio: | Dipòsit Digital de Documents de la UAB |
| Idioma: | inglés |
| OAI Identifier: | oai:ddd.uab.cat:293241 |
| Acceso en línea: | https://ddd.uab.cat/record/293241 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Transposons Transposable Elements Elementos Transponibles Pararetrovirus Endògens Endogenous Pararetrovirus Pararetrovirus Endógenos Genòmica Genomics Genómica Ciències Experimentals |
| Sumario: | Els genomes de les plantes contenen un gran nombre de seqüències repetitives disperses. Els transposons i els Pararetrovirus Endògens (EPRVs) formen part d'aquest grup de seqüències repetitives. Els transposons són seqüències d'ADN amb la capacitat de moure's i canviar la seva posició en el genoma, o bé de generar còpies d'ells mateixos en altres posicions del genoma. Els Pararetrovirus Endògens són seqüències derivades de virus de la família Caulimoviridae, que s'han identificat en els genomes de monocotiledònies i dicotiledònies, tot i que el seu cicle replicatiu no inclou necessàriament la integració en el genoma de l'hoste. En aquesta tesi s'han estudiat els Transposons i els Pararetrovirus Endògens com a font de variabilitat genètica en els cultius. Els transposons s'han estudiat específicament en el gènere Prunus: en presseguer (Prunus persica 'Early Gold'), ametller (Prunus dulcis 'Texas') i un híbrid F1 (MB1.37) entre les dues espècies. Mentre que l'estudi dels Pararetrovirus Endògens incloïa diferents grups de plantes. El Capítol 1 es centra en la caracterització de la transcripció dels transposons i dels gens d'ametller, presseguer i de l'híbrid F1, per determinar si es produeix un xoc genòmic en l'híbrid, que resulti en una activació de la transcripció. Els nostres resultats han mostrat que no es produeix un xoc genòmic, ja que no hem observat grans canvis en la transcripció de l'híbrid respecte a la dels parentals. A més, l'estudi de gens amb transcripció diferencial entre les dues espècies ha permès identificar un gen amb una inserció polimòrfica, que per la seva localització en el genoma és un bon candidat a ser el gen de resistència a l'oïdi Vr3. Al Capítol 2 es va realitzar un estudi dels transposons a l'ametller, utilitzant una nova versió del seu genoma (Texas v.3.0). Aquesta nova seqüència del genoma es caracteritza per la seqüenciació de les dues fases o haplotips, la qual cosa és un avantatge per a l'estudi d'una espècie considerablement heterozigota com és l'ametller. Aquest estudi va incloure l'anotació de transposons, millorant l'anotació de la versió anterior del genoma. A més, es va realitzar un estudi de l'expressió al·lèlica específica en diversos òrgans d'ametller i es van identificar 4 agrupacions d'al·lels co-expressats. Finalment, es va dur a terme un estudi de l'impacte dels transposons homozigots i heterozigots propers a gens, que va permetre la detecció de diferències en la transcripció dels gens, i un estudi de la variabilitat genètica en 40 cultivars d'ametller. Per últim, el Capítol 3 es va basar en la identificació, classificació i caracterització del domini Transcriptasa Reversa (RT) dels Pararetrovirus Endògens recentment inserits a 278 genomes de plantes. Aquest anàlisi va permetre la identificació de 11,527 seqüències, que es van classificar en 13 gèneres de la família Caulimoviridae. Un d'aquests gèneres és el gènere Wendovirus, proposat durant aquesta tesi i que es caracteritza per la presència de quatre marcs de lectura oberts, amb dos que codifiquen per proteases aspàrtiques. |
|---|